Добрый день!
Цитата: сотрудник проболел с апреля по октябрь 2017г, , с ноября уволен (по состоянию здоровья-инвалидность). Больничные частично оплачены (зачетная система), остальная часть- на возмещение (переходит уже на 2018год).
Я правильно понимаю, что часть больничных (то, что Вы назвали "зачетной системой") Вы ему выплатили в 2017 году, а остаток - в 2018 году после получения денег из Фонда. Так?
Тогда и в 2-НДФЛ, и в 6-НДФЛ Вы должны показывать только выплаченные суммы больничного. А не "начисленные".
Поскольку это не зарплата, а "больничные", то дата получения дохода не зависит от месяца начисления и определяется датой фактической выплаты денег.
Цитата: Вопрос в следующем: если в 6 НДФЛ и 2 НДФЛ за 2017г. отражать только те больничные и НДФЛ, которые фактически выплачены, то как в в 2018г. году отразить больничные(которые будут возмещены за счет ФСС): сотрудник-то уже уволен?!
Это никак не мешает.
В 2017 году отражаете только то, что выплачено в 2017 году, а то, что выплачено в 2018 году отражаете и в 2-НДФЛ, и в 6-НДФЛ, но уже в 2018 году. И не имеет значения, работает человек у Вас или нет. Имеет значение только факт выплаты ему дохода.
Цитата: Сдать 2 НДФЛ на уже неработающего в нашей организации?!
Да, сдать 2-НДФЛ на уже не работающего у Вас человека.
Есть множество ситуаций, когда 2-НДФЛ Вы составляете на неработающего человека. Самая распространенная - договор ГПХ. Человек у Вас не работает, а Вы ему платите доход и удерживаете НДФЛ. Ну как тут обойтись без 2-НДФЛ?
Или берете в аренду помещение у простого человека - та же самая история.
Так что отсутствие с человеком трудовых отношений не препятствует и не отменяет 2-НДФЛ по нему. И, тем более включения его дохода и НДФЛ в 6-НДФЛ.
Цитата: И, если можно, ссылку на документ, который является основанием для данной ситуации....
НК РФ, часть 2, глава 23 "НДФЛ".
Успехов!